این سازمان حمایت‌های ویژه‌ای را در راستای توسعه و تقویت شرکتهای دانش‌بنیان برنامه‌ریزی کرده است که از مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به واگذاری حقوق انتفاع عرصه در شهرک‌ها و نواحی صنعتی و فناوری به شرکتهای دانش‌بنیان و صنایع پیشرفته به صورت نقد و اقساط اشاره کرد.
بر این اساس، برای اراضی با مساحت بیشتر از ۳۰۰۰ متر مربع از تسهیلات ۱۰ درصد نقدی و اقساط ۴۸ ماهه با تنفس ۶ ماهه در بازپرداخت اقساط و برای اراضی کم‌تر از ۳۰۰۰ متر مربع از ۱۰ درصد پرداخت نقدی با اقساط ۴۲ ماهه یا تنفس ۶ ماهه در پرداخت اقساط بهره خواهند برد.
برای واحدهای دانش‌بنیان و صنایع پیشرفته که دارای اولویت سرمایه‌گذاری بوده و توسط دفتر فناوری و نوآوری معاونت هماهنگی و محیط کسب و کار وزارت صمت، معرفی شوند، بخش نقدی قرارداد آن‌ها یک درصد تعیین می‌شود و مشمول تنفس ۶ ماهه و بهره‌برداری پیش از موعد نیستند.
بر اساس این آیین‌نامه حمایتی، در صورت بهره‌برداری پیش از موعد شرکتهای دانش‌بنیان و صنایع پیشرفته دارای مجوز ار وزارت صمت و معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری، در صورت تصویب در هیأت مدیره شرکت استانی، تا سقف ۳۰ درصد اقساط باقی‌مانده مبلغ قرارداد حقوق انتفاع عرصه آن‌ها از آخرین سفته‌های سررسید نشده بخش تعهدی قرار مربوطه، به طرف‌های قرارداد بازگردانده می‌شود.
اجاره بهای دفاتر برای شرکتهای دانش‌بنیان و شتاب‌دهنده‌های فناوری و صنایع پیشرفته دارای مجوز، در مراکز خدمات فناوری و کسب و کار ایجاد شده در سطح کشور، مشروط به فعالیت مؤثر در سال اول استقرار، به میزان ۲۰ درصد مبلغ اجاره دریافت می‌شود.
همچنین، در اجرای برنامه‌های حمایتی توسعه و توانمندسازی واحدهای صنعتی مستقر در شهرک‌ها و نواحی صنعتی و فناوری و واحدهای دانش‌بنیان و صنایع پیشرفته دارای مجوز از وزارت صمت و معاونت علمی، در اولویت قرار می‌گیرند.
بر اساس بند ب ماده۲۴ دستورالعمل بهره برداری از زمین، اعیانی و تاسیسات شهرک های و نواحی صنعتی، صنفی و فناوری، شرکت های دانش بنیان تولیدی در صورت اخذ پایان کار ساختمانی و پروانه بهره برداری، تا سقف ۱۰درصد مشمول مشوق به اقساط باقی مانده نیز می شوند.
